わかりやすい説明ありがとうございます。

では、これからの対策とすれば、
(1)とにかくSSHの習得を目指す。
(2)それまでは、予定外の不具合に備えてプラグインをインストールするごとにフルバックアップを取っておく(最悪、インストール前には戻るので)
(3)バックアップ対象はvar以外の全フォルダと全データベース

ということでよろしいでしょうか。

P.S.
今回、顔が青ざめましたが今回の作業をもって、EC-CUBE内の各フォルダの働きが少しわかるようになりました。（特にapp）