>在庫を確保してから、ユーザー操作(クレジットカード番号入力)が入ってしまうと
>そこで操作を止められると、在庫が減ったまま受注が完了しない状態になってしまうので
>在庫の少ない商品の取り扱いにおいては辛いかなーという気持ちがありました。

ここについてはお店の扱う商材や形態によるところがありますので何とも言えませんが
余計なトラブルを避ける形にしているのだと思います。
例えば、高級ブランドバッグの中古品を販売しているようなお店で
お客さんが10万円の金額を決済した後、在庫が無い事が発覚し後からキャンセル処理を行った場合、
ショップには売上は入ってきませんが
ショップから決済代行会社への10万円×数パーセントの手数料の支払いは発生する事になると思います。
（利用するサービスや契約次第とは思いますが
　よくあるサービスだと決済時に手数料が発生すると思います）

滅多に発生しない事かと思いますが
その辺りが許容できるかどうかという事になるかと思います。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog