あと、関連していることですが、.htaccessでいろいろ試している中で、ファイル名index.phpが表示されてしまい、
URLの表示がhttps://<ドメイン名>/index.php/になってしまうことがあります。(サイト自体の表示や動作は問題ありません)

正常な時(https://<ドメイン名>/)の.htaccessに戻して、キャッシュクリアをしても、URL表示が戻りません。
これはどういうことなのでしょうか？
.htaccessはキャッシュクリアでは更新できないのでしょうか。