追伸
mcontact様

bin/consoleコマンド自体に権限を付与できることがわかり、セキュリティ面を考えてもこの方法が一番いいと思いました。
この権限付与の方法でパーミッションの問題は解決しました。
(違うエラーは発生しているようですが)

また、以前にコマンドラインの件でルートフォルダと書いたのは間違いでec-cubeインストールフォルダでした。
consoleは<ec-cubeインストールフォルダ>/www/binの下にあるので、cosoleコマンドが動作しないのは当たり前でした。

これから、テスト環境でSSHの勉強していきます。
まだ、作業内容からしても本番サーバ上でするのは怖すぎますので。