オプションの種類や計算方法など要件によって変わってくると思いますが
それなりに影響範囲が大きく複雑なカスタマイズが必要になると思いますので
商品オプションプラグインを参考に開発を進められる形がよいかと思います。
https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=1787

オプションのデータ構造や管理画面の編集画面の追加方法など参考になるかと思います。

オプションの管理機能や金額計算ロジックの改修に加えて、
メールに出力する注文内容の追加や納品書のフォーマット変更、
管理画面側の受注管理機能の改修（注文内容の変更にも対応できるようにする）等、
フロントでは見えていない部分にも手を加える必要があると思います。

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株式会社シロハチ
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