インボイスの明細、軽減税率のことを考えると0％での登録はないですね。
システム税率10％、一部軽減税率8％、という条件下でどうか、ですね。

税率10％での税込500円、税込30000円、など、
指定の値段で販売決済できないって困らないんですかね？？困るんですけどw

ちなみにスマレジでは、商品価格にあわせて税区分（税抜・税込・非課税）や税設定（標準、軽減）を登録するようになってて、あとは内部でうまく計算してくれてます。

EC-CUBEの税まわりの計算がこうなっている（商品価格＋端数処理された消費税）限りは、登録価格をどのようにしても歪みが取れないんですよね。
｜500÷1.1=454.5454...なので
｜454円で商品登録すると、454+45(...454x10%=45.4 四捨五入されて45)=499円
｜455円で商品登録すると、455+46(...455x10%=45.5 四捨五入されて46)=501円

これって"インボイス制度における端数処理は「1インボイスにつき、税率ごとに1回」"という原則にあってないような気がするんですけど。。

454.55円で商品登録すると500円、でも2つ売れば999円、
ここからいじるとすれば、個々の税計算以降集計まで内部的に小数点以下を持ったままにしておくことでしょうかね。

https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/blob/4.2/src/Eccube/Service/TaxRuleService.php#L135
ここで $ret = round($value,2); とでもしてやると50個くらいまでなら大丈夫？
かと思ったら、明細書がダメだった。