正攻法として、ProductClassに税区分フラグを持たせて、税抜商品と税込商品と判別できるようにマスター登録してやる。
こうしてやればTaxRuleServiceやらあれやらこれやらいじって税込税抜混在でインボイス明細まできれいに対応できますね。
小数がどうしたこうした考えなくて済むので精神衛生上よろしい。
が、Productは税抜という前提でのコードばかりなのでちょっと面倒ですね。。管理画面未着手w

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　ご注文商品明細
商品コード：
商品名：税込500
単価：￥500
数量：100

小　計：￥50,000
手数料：￥0
送　料：￥1,000
合　計：￥51,000
お支払い合計：￥51,000 (10 %対象：￥51,000 内消費税： ￥4,636)

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　ご注文商品明細
商品コード：cube-09-intax8%
商品名：彩のジェラートCUBE チョコ 16mm × 16mm※
単価：￥5,000
数量：1

商品コード：cube-08-tax8%
商品名：彩のジェラートCUBE チョコ 32mm × 32mm※
単価：￥14,040
数量：1

商品コード：
商品名：商品500
単価：￥550
数量：1

商品コード：
商品名：税込500
単価：￥500
数量：1

※は軽減税率対象商品です。
小　計：￥20,090
手数料：￥0
送　料：￥1,000
合　計：￥21,090
お支払い合計：￥21,090 (8 %対象：￥19,040 内消費税： ￥1,410)
(10 %対象：￥2,050 内消費税： ￥186)