EC-CUBEの4系を利用してまして、今までは購入したプラグインをダウンロードし、zipのまま手動でサーバへアップロードして
アップロード先のサーバで解凍といった手順でプラグインのインストールが行っておりましたが、いつのまにかストアでは購入したプラグインのダウンロードができなくなりました。

推奨方法はあくまでサーバがシングル構成の場合は有効かと思いますが、冗長化している環境では有効でないので今までできていた
手動でのインストールが行えないのは致命的です。

冗長化して運用している皆様はどのようにプラグインをインストールしているのでしょうか。

最悪、シングルで環境作成してファイルをインストールした後にプラグインのファイルのみをコピーして・・・
ということも可能なのでしょうが、有料プラグインの場合ですとライセンスによっては２重でお支払いしないといけなくなります。

何かいい方法があれば教えて下さい。

インストールできないのは管理画面では購入したプラグインの内容が表示されるものの、ダウンロードやインストール、歯車のアイコン等が一切表示されてないのでおそらく冗長化してある環境だと「認証キー」の判定が正常に行われないのではないかと考えています。