当方でもEC-CUBEペイメントLite4使っていますがゲスト購入はできています。（まだテスト環境ですが）
ですが、EC-CUBEペイメントLite4のイプシロン側、EC-CUBE側にどのような環境設定されてるのかにもよりますし、ここではなく開発元（→イプシロン）に問い合わせされたほうがいいと思いますよ。

ちなみに"ゲスト購入の場合は登録済みのクレジットカードのラジオボタンを表示しない"という処理の中でのエラーっぽいのでそのあたりから調べてもらうことになるんじゃないでしょうか。