なんどかしつこくDB登録をしないといけないのは変わらないのですが、

途中までDB登録をしてしまっている場合やアップデートしたい場合は、先にphpMyAdminなどでDBを開き、一番下にあるZIP用のデータベーステーブルの中身を空にしておきます。

１）KEN_ALL.CSVを文字の置き換えのできるテキストエディタ（秀丸など）で開き、半角カタカナを全角カタカナに置き換え、「〜」を「−」に置き換えます。（結構時間が掛かりますので、気長に）
２）UTF-8で保存します。
３）FTPでWEBサーバーへ接続し、/data/downloads/KEN_ALL.CSVを先ほど変換したCSVで上書きしておきます。
４）EC-CUBEの管理画面から郵便番号DB登録をやり直します。

※画面がエラー表示ではなくて白紙のときは、大体少しずつですが順調に登録されていると思って大丈夫です。

KEN_ALL.CSVには、半角カナや記号が混じっていて、これをEC-CUBEに登録するときに、順に変換していくようなのですが、あまりに量が多いので、タイムアウトになったり、途中で処理に失敗してエラーが出るようです。
ですので、先に変換しておいてから登録し、EC-CUBEのプログラムでは、チェックのみさせるような流れにすれば、多少マシになります；

私はこれで、とても処理の重い海外サーバーでも何とかいけましたが、どなたでもいけるかどうかは、分かりません・・・
よかったら、試してみてください。