質問主です。

結局、解決策が見つからず、
EC-CUBEのインストールし直しで対応しました。

再インストールの過程で.htaccessに一行追記することがあったため、
アップデートでこの一行が消えたことが原因だったかもしれません。

バックアップを取った上でアップデートしたのですが
不可視ファイルのバックアップを取っていなかったのが敗因でした…

以後、気をつけたいと思います。
お騒がせいたしました。