▼テンプレート
[EC-CUBE] 4.1.2
[レンタルサーバ] さくらのレンタルサーバ スタンダード
[PHP] 7.4.30
[データベース] MySQL 5.5

[導入プラグインの有無]
・在庫がない商品の表示/非表示を切り替えられるようにするプラグイン ver1.3.1
・おすすめ商品管理プラグイン ver4.1.0

[カスタマイズの有無] デザインのカスタマイズのみ

[現象]

お世話になります。
googleのサーチコンソールのカバレッジで「重複しています。ユーザーにより、正規ページとして選択されていません」の表示があり、
インデックスされていないページを調べてみるとほとんどのページが、
「https:/〇〇〇.jp/index.php/products/detail/88」のように「/index.php/」を含むページばかりでした。
インデックス登録済みページのページにも「/index.php/」を含むページがあり、検索結果を見ると「/index.php/」を含むページが複数あります。


原因を探ろうと思い、google検索から以下のページを拝見し、
https://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=flat&order=ASC&topic_id=20823&forum=2&move=prev&topic_time=1536197309
「/index.php/」が含まれたページが表示されるのは正常な動作だと理解しましたが、
なぜGoogleにインデックスされてしまったのか原因がつかめずモヤモヤしております。


サイト内のaタグ等に「index.php」付きのURLは無く、sitemap.xmlにも「index.php」のページはありませんでした。
.htaaccessには「RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]」の表記があります。


このような場合、どのように対処するのが最善の結果となりますでしょうか？
当方の知識が非常に知識が少なく、大変申し訳ございませんがご教授いただければ幸いです。