>(1)決済完了ページについて

カスタマイズ行ってなければ基本的には下記になるのかなと思います。



>(2)アフィリエイト計測タグにおけるクーポン・ポイント利用時の反映について

アフィリエイトの計測タグを出力する機能は標準では存在しないと思いますので、値引き前、値引き後とも出力自体は可能ですので、成果地点のtwigにアフィリエイトタグに設定したい変数渡して出力するようにカスタマイズする、という形になるのかなと思います。