自己解決しましたので、他に同じ状況になる方が出た場合の為に解決した方法を残しておきます。
エラーを調べると、ファイルをアップロードする複数のファイルでエラーが出ている事がわかったので、別でインストールした正しいファイルをアップロードしなおしたら不具合が解消しました。
ファイルを見比べると、アップロードに関係するプログラムのいくつかが抜け落ちていたり、ファイル名がおかしくなっていました。
階層を変更する際にコピーをした為、その時にコピーエラーが起こっていたようです。
おかしかった場所は、

html/admin/assets

をまるごと入れ替えました。
※おかしかったのは一部ですが、ひとつひとつ検証するより、まとめて入れ直したほうが早いと判断した為です。