それは失礼いたしました。

一応報告まで。

先週末、ちょうどSSHでないとできない操作がありまして、
詳しい人(但しEC-CUBEには詳しくない様子)から聞いて
運用中のデータベースにフィールド追加して、Entityマッピングの更新が無事できました。(詳しい意味はわかりませんが)

また、せっかくなのでプラグインの有効化、インストールなどをコマンドラインでやってみたら、とても進行が快適で、かつ順調な時の進捗も、エラーの時も何が起きているのかがとてもわかりやすかったです。（GUIで進捗目盛だけ進んでも、最後にエラーだと何が起こったのかさっぱりわかりませんし）

インストールできていなかったいくつかのプラグインも全てスムーズにインストールできました。（違いが歴然としています）