ありがとうございます。

一応EC-CUBEのソースをgrepしてみたところ下記個数のfunctionが見つかりました。
PUT　　13個
DELETE　29個

いずれもMETHODSでPUTまたはDELETE単独指定の様でした。

この場合、@Routeのmethods={"PUT"}と記述している箇所を例えば{"POST"}と書き換えて、呼び出し側もPOSTでsubmitするようにすれば問題無く呼び出せると考えて良いのでしょうか？
また、DELETEもPOSTで置き換え可能でしょうか？

既出の問題として記載頂いているプラグインも調べる必要があるのと不具合発生時のサポートやバージョンアップ時の事を考えると対応は慎重に検討したいと思います。