カート画面の商品価格は、
商品をカートに入れた時の価格が、データベースの「dtb_cart」「dtb_cart_item」テーブルに登録されてカート画面を表示した際にこちらのテーブルから取得して表示されます。

ご注文手続き画面上は、カート情報に登録されている商品情報を再度取得して価格情報を取り直すので、価格変更後の価格で表示されるようになっているのかと思います。

> それともバグということで直していただけるのでしょうか？
修正案としてissuesに登録すれば、変更される可能性はありますがEC-CUBE4.0系の最新バージョンで対応されるかは解りません。