以前に開発して商品やカテゴリ毎にデザインや屋号の表示の出し分けをした事はありますが、出来るか出来ないかで言えば出来ます。

ただし、当然標準のEC-CUBEにはない機能なので開発費や開発日数などもそれなりに掛かりますので、予算感によると思います。
場合によっては、単純にいま候補に挙がっているクラウド版EC-CUBEを2アカウント契約してしまった方が安い場合もあると思います。