> ちなみにですが、自動配信の注文確認メールの発送元を商品カテゴリ毎に違えるというのも、それなりの改修になりますよね？

こちらの質問では、注文時のみのメールが焦点になっていますが例えば下記の場合はどうするかなど開発要件として出てくると思うので少しピックアップしてみました。

・会員登録時・退会時メールの屋号はどうするか？（仮登録・本登録）
・パスワードリセット時メールの屋号はどうするか？
・パスワードリマインダー時の屋号はどうするか？
・問い合わせ受付メール時の屋号はどうするのか？
・出荷通知時メールのメールの屋号はどうするか？
・注文受付時メールのメールの屋号はどうするか？
・会員登録やカート画面や注文画面のデザインはそれぞれの屋号毎に用意するのでしょうか？

・EC-CUBE自体を分けないので、、通常ですと各屋号毎にデザインが解れていてもカートおよび注文処理は、それぞれの屋号が解れていても同じカートおよび注文処理が行えるので混在しても良いのか？
例：GUとユニクロは屋号が違うが、それぞれからカートには入れられて注文も一括で出来たと思います。

と同じEC-CUBEで屋号やデザインを分けても様々な影響と仕様の検討事項は出てくると思います。
それをどうするかだと思います。