> 商品を新しく追加する時に、「新着商品」に表示される商品と表示されない商品を分けたいです。

商品に新着商品表示フラグなどを追加するなどカスタマイズすれば可能かと思いますが、「新着商品自動表示プラグイン」にはない機能だと思いますので、カスタマイズ費用など掛かると思います。