> 複数の決済モジュールを使って、
> 例えばクレジット決済はGMO、
> コンビニ払いはゼウス、
> というようにしたいのですが、可能でしょうか。

プラグインの競合が起こらなく、実現可能かどうかはそれぞれのプラグイン次第だと思います。
それぞれのプラグインの提供元に確認すると良いと思いますが、それぞれ別会社なので期待する回答を得られるかは不明です。
テスト環境等を用意して、それぞれのプラグインを開発用テストインストールしてテスト出来ないか確認した方がよいと思います。


> 可能な場合、そのやり方は、
> GMOとゼウスのモジュールを入れたらEC-CUBEの管理画面上に
> クレジット決済はGMO、
> コンビニ払いはゼウス、
> と選択できる画面が出てきたりするのでしょうか。

実現可能かどうかで言えば、実現は可能かと思いますがプラグインの競合等がある場合は、プラグインのカスタマイズ等が必要になります。