> Zenlogic上サイトごとにWAFを設定できるが、EC-CUBEとWAFは別システムであり、EC-CUBEはWAFの機能を網羅しているので、WAFがなくても問題ないということでよいのでしょうか。
> それともEC-CUBEのWAFを契約すれば対応可能ということでしょうか。
> WAFにこだわっているのではなく、セキュリティ対策として気になっており、知識不足の質問が続き申し訳ございません。

EC-CUBEにはWAF機能はありません。
EC-CUBEとWAFは、まったく別物です。
また、WAFを入れたからと言ってすべてのセキュリティ対策が出来るわけでもありません。
WAFはEC-CUBEのセキュリティ対策を補完する程度のものであり、EC-CUBEとWAFのそれぞれのセキュリティ対策を行く事で強化されていきます。
WAFを入れることを検討しているならインフラ環境の管理者や専門業者に相談されることをオススメ致します。