mcontact 様

ご返信できておらず申し訳ございません。

先程もう一度調べなおしたところ、
並び順のキーになっている項目がわかりました。

出荷情報画面の出荷情報の並び順は、
注文CSV内の送料明細欄の注文詳細ID順に並んでいました。
※dtb_order_itemのid順(order_item_type_idが2のもの)

弊社環境だけでなく、他社デモサイトでも同様の並びとなったため、
プラグイン等は関係なく、EC-CUBE標準でこのような動きと
なっているのではと思います。
(公式の記述が見つけられなかったので断言はできませんが…)

因みに、出荷IDは「お届け先の複数指定」画面でのお届け先並び順で
採番されているようでした。