> お客さんから
> 「パスワードを忘れた、秘密の質問も忘れたのでリセットお願いします」
> と要望がありました。

管理画面から「秘密の質問」の質問と回答を書き換えてあげて、ユーザーからパスワード変更をしてもいいんじゃないでしょうか？


> 管理画面＞会員管理からパスワードを設定する（管理者が行う）
> については会員管理＞会員マスターと進み
> 該当の顧客のページでパスワードの部分「＊＊＊＊」
> を勝手に書き換えて登録し直すという事で良いのでしょうか？

そうです。
ユーザーから要望を頂いて変えるので勝手な書き換えではないと思います。
また、管理者からのパスワード変更後ユーザーがパスワードを変更を行うように促し、ユーザーが変更する事でパスワードを管理者等にはわからなくなると思います。