> 症状としては、ご指定の確認箇所では最新バージョンの1.5で表示がされており、アップデート等ができない状況です。
> プラグインの停止はできますが、削除はできません。

プラグインの削除を強制するのであれば、
1. app/Plugin/｛プラグイン名｝/　フォルダの削除
2. データベースのdtb_pluginテーブルの該当プラグインのレコード削除

を行い、キャッシュクリアを行えば出来ます。


> EC-CUBEの管理画面（管理プログラム）はプラグイン側のバージョンを参照して表示しているわけではなく、管理プラグラム側のどちらかで記憶されており、そちらを本体のバージョンとあわせる事ができれば、再度アップデート等ができるのではないかと考えております

一般的にも開発時点でもあまり行いませんが、dtb_pluginテーブルにインストール済みのプラグイン情報は登録されています。
バージョン情報を変更した場合の、動作は不具合に繋がる場合もあるので検証環境にてバックアップ等を行ってから行ってください。