.HTACCESSが読み込まれているのかも検証済みです。
念のため、DirectoryIndexの設定に変更して確認してみましたが、こちらは正常に動作していて。。。
あと、mod_Rewriteの値を変えてみると、明らかに500番エラーに変わってしまうので、読み込んで動作しているけれど、、、ということみたいなのです。

文字コードをUTF-8にしてみたり、改行コードを変えてみたりもしたのですが、結果は同じでした。

動作が重いサーバーなのですが、システム自体は正常に動いており、この前には、カゴラボさんで紹介されていた「カテゴリ毎に説明文等のコンテンツを表示する」
http://www.cagolab.jp/archives/knowledge.php?itemid=287&catid=1
というカスタマイズのみ、行いました。
それ以外は基本デフォルトです。