いまいち何が問題なのかが分からないのですが、
カートへ入れるをクリック後、カートへ入れるボタンを連打できないようにしている処理が、もとに戻らないと言う感じでしょうか？（再度ボタンが押せるようにならない。）

ajaxで処理が完結した際にモーダルが出てきて再度ボタンが押せるようになると思うのですが

src/Eccube/Resource/template/default/Product/detail.twig　182行目

ここでボタンを無効にしてその数行下で反応が帰ってきたら、ボタン無効を解除しています。