簡単なサーバとバックアップ側のシステム構成図ですが、こんな風な構成が組めないのであれば、レンタルサーバ会社のバックアップサービスを利用した方がまだ安全です。
https://jp.fujitsu.com/platform/server/primergy/solution/backup/image/topic03.gif

> さくらインターネットのビジネスプロプランに本番環境を置いているのに加えて、スぺックが落ちますが、スタンダードプランにテスト環境を置いています。
> ただし、バックアップというよりは主にサイト改良のテストに使っています。

仮にスタンダードプランのサーバをバックアップサーバと兼用するのであれば、ビジネスプロプランのEC-CUBEおよびDBの全容量分と世代管理分（過去何回分）を保存出来るだけのディスク容量とサイト改良のテストに必要なディスクを超えるが必要です。

そして、こちらのスレッドを見る限り世代管理の設計やバックアップの設計が出来ていないと思います。
しっかりとした知識がない状態で、仮に自動バックアップを行うと最悪サーバの不具合を発生させ最悪サーバが壊れる場合もありえます。
厳しいようですが、素人レベルの知識では技術が追い付いていないので専門書籍をお読みになるかレンタルサーバ会社のバックアップサービスを利用するか専門業者にご相談をすることをオススメ致します。

----------------
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>