> 弊社コーディング担当の者の調査のところ、「サイトにウイルスなどの作用でプラグインなどが破壊されてしまった」「最近他サイトでも上記ような現象が発生している」と連絡を受けたのですが、実際そういった事象は発生しているのでしょうか。

出来るのか出来ないのかで言えば、まったく可能性がない訳ではありません。
現在の状況を確認してみないと、不正アクセス等による攻撃なのかも判断しようがないですが。。。

> また、こちらについて改善案などあればご教示いただけますでしょうか。

日々のセキュリティ対策の実施や監視などを行った上で、日々のサーババックアップなどを行ってバックアップデータから復旧を行うなどがあると思います。

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