ご回答ありがとうございます。

>ログイン後に、カートに商品を追加し購入確認画面まで進んだその後にマイページにて会員情報の住所の変更等を行っていませんか？

今一度試してみたら、まさにこちらでした。

1. カート内の商品を削除して空にする
2. マイページで住所変更
3. 商品をカートに入れる

この順番でカートに進むと
変更した住所に書き換わりました。

原因がわかって大変助かりました。
ありがとうございました。