ご丁寧にお返事・ご回答ありがとうございました。
初めてフォーラムを使ったため、使用方法にてこづり返信が遅れてしまって申し訳ありません。

おっしゃっていただいた通り、
4.0.6-p1→4.1のプラグインのインストールはでき、有効化ボタンもあるのですが、ECCUBE4の別のバージョンのアップデートプラグインの有効化ボタンの中にあるアップデートボタンが無く、作業が実行できない状況です。