新規テーブルの作成であれば、
app/Customize/Entity配下にEntityを作成して、DBに反映してみてください。
作成した新規テーブルがDBに反映されるかと思います。

FormTypeは、CustomerTypeExtentionが作成済みなのであれば、CustomerTypeExtentionに記載してもいいと思いますし、新規作成した中間テーブル用のFormTypeを作成し、CustomerTypeExtentionで呼んであげてもいいと思います。