ご返信ありがとうございます。

その後、内部エラーを確認したところ、4.1.0未対応のプラグインがインストールされていることが原因と判明しましたので、対象プラグインを削除いたしました。

削除方法としては、
・管理画面プラグイン一覧より削除
・キャッシュクリア
通常、こちらで削除されるはずですが、消えなかったため、

https://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=26643&forum=16

こちらを参考に
・dtb_pluginから該当プラグインレコードの削除
・app/Plugin/から該当プラグインフォルダの削除
を実施いたしました。

非対応プラグイン削除後、500エラーの発生は解消しましたが、「プラグインの対応状況の確認へ」ボタンを押すと、eccube_updater_410_to_411/config でページロードが長時間続き、タイムアウト（ERR_TIMED_OUT）に変わりました。

アップデート確認はテスト環境で実施しているため、ENVはdevとしていますが、
var/log/dev/site-yyyy-mm-dd.logには、エラーログは出ていません。