> こちら、送料や手数料の欄を（税込）から（税抜）表記にできたりしませんでしょうか？

出来るかどうかでいえば、出来ます。
ただし、EC-CUBEのカスタマイズの知識が必要になります。
そして、管理画面＞受注登録画面以外にもフロント画面の購入フロー画面も修正する必要が出てくると思います。

> もしできない場合は、なぜ商品と明細（送料・手数料）で税込・税抜と分けているのかご教授いただけますと幸いです。

送料や手数料の金額を税抜金額で表示している企業が少ないからと思います。
例えば、クロネコヤマトさんの送料表示ですと下記の様に税抜金額を表示していないです。
https://www.kuronekoyamato.co.jp/ytc/search/payment/result_01.html?SERVICE=TK&PARA_HATSU_CHIIKI=%E5%8C%97%E6%B5%B7%E9%81%93&PARA_CHAKU_CHIIKI=%E5%8C%97%E6%B5%B7%E9%81%93

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