> 移行後にInstagramショッピング機能を開始予定ですが、以前オーナーズストアにあった「Facebook連携プラグイン」がなくなってしまいました。

下記のプラグインの事でしょうか？
https://tsubo.ec-cube.net/2019/08/13/10552

こちらのプラグインであれば、提供元：Facebookがプラグインの公開を停止していますので、現在は提供されていません。
今後、Facebookが提供するかはFacebookのみが知るです。
たぶん、Facebookのシステム的な仕組みが変わったのでプラグイン提供を終了したと思いますが...

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