返信ありがとうございます！

ご記載いただいた `Eccube\Tests\Transaction\TransactionListenerTest`は、コメントを読む限りでは`Eccube\EventListener\TransactionListener`のテストをしているように見えました。
該当のイベントリスナーは`KernelEvents`の前後でトランザクションを張っていますが、テスト環境では基本的に無効にしているようです。
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/blob/4.1/src/Eccube/EventListener/TransactionListener.php
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/blob/4.1/app/config/eccube/services_test.yaml#L9-L13

当投稿についてですが、自己解決しました。
phpunitのlistener設定でテスト前後にトランザクションを張っていました。
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/blob/4.1/phpunit.xml.dist#L38
symfonyのドキュメントにも全く同じではないですが同様の項目がありました。
https://symfony.com/doc/4.4/testing.html#resetting-the-database-automatically-before-each-test

もしかしたらベテランのsymfonyエンジニアなら割と当たり前だったのかもしれません。
お騒がせしました。

以上で当投稿は解決とさせていただきます。
ご回答いただきありがとうございました。