「購入処理中」「決済処理中」で在庫数が減るというのは標準の仕様ではありません。
おそらく決済プラグイン等でそのように処理されているのだと思われます。

決済プラグインによっては、3Dセキュア決済でエラーが発生した場合に在庫が戻らない現象があったように記憶しています。

一括で在庫を更新することは商品CSVのダウンロードと登録を使用すれば可能ですが、戻す在庫数を把握しないといけないので結局手作業ですよね...。

決済処理中のまま在庫が戻らないのは決済プラグインの問題と思われますので、決済プラグインの開発元に問題を修正してもらうのが良い気がします。

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