削除してしまったユーザーと同じID、パスワードでユーザーを作り直すのが一番早いと思います。
パスワードが分からないようであれば、EC-CUBEをインストールした場所にある.envというファイルを見れば分かります。

あるいは別のユーザーを作ってID・パスワードを.envに設定しなおせば大丈夫です。