ご確認有難うございます。

ブラウザでアクセスできなくなるとの事ですが、
アクセスの種類までは制御できない感じでしょうか？

・読み込みだけ
・読み込み&実行だけ

CSSやプラグインなど、ブラウザーから改ざんや削除されない様にしたく。
deny from all に設定すると全く見れなくなってしまいました。

.envを本番モードにしたり、パーミッション権限の変更は実行しました。

.htaccessで読み込みだけ許可する？にはどうすればいいのでしょうか？

的外れの質問でしたらすみません。