> EC-CubeではWordPressなどと同様にテーマのバージョンアップはありますよね？

テーマのバージョンアップについて、何を指しているか解りません。
EC-CUBEのバージョンアップであれば、基本的にメジャーバージョンアップには推奨されていません。
https://support.ec-cube.net/hc/ja/articles/360038928231-EC-CUBE%E3%82%92-%E6%9C%80%E6%96%B0%E3%83%90%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%81%A7%E5%88%A9%E7%94%A8%E3%81%97%E3%81%A6%E3%81%84%E3%81%BE%E3%81%99-%E6%97%A7%E3%83%90%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%81%AE%E3%83%87%E3%82%B6%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%86%E3%83%B3%E3%83%97%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%88%E3%82%92%E5%88%A9%E7%94%A8%E3%81%A7%E3%81%8D%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B

テーマがデザインテンプレートであれば、デザインテンプレートは購入後14日間しかダウンロードできないのでバージョンアップはめったに行われないと思います。
https://support.ec-cube.net/hc/ja/articles/360038928131-%E3%83%87%E3%82%B6%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%86%E3%83%B3%E3%83%97%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%88%E3%82%92%E5%86%8D%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89%E3%81%97%E3%81%9F%E3%81%84

----------------
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>