>例えば商品ID10の商品にサイズS、M、Lと3種類の規格サイズがあった場合に、サイズSの在庫を増やそうと更新をかけると、商品ID10にサイズSのデータが2つできてしまいます。
>また、元のサイズSと増えたサイズSに在庫数の異なるデータが入ってしまい、どちらも注文できてしまいます。

CSV登録前から、同じ規格に対してvisible=1とvisible=0で２つのレコードが登録されてしまっているのでは、と思いました。

そうだとしても、原因はデバッグしてみないと分からないですが・・。

次のような理由で同様の現象が発生していた例をみたことはあります。

・バージョンアップでデータ移行した時にデータが間違って登録されている
・プラグインやカスタマイズの不具合

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