こんにちは。
私もハマりまして調べました結果、原因と対処方法がわかりましたので投稿します。

$mailHelper->sfSendOrderMail($order_id, '2')

こちらでお気づきのとおり、携帯の時はIDが２番のテンプレートを当てはめる、というベタな記述になっております。

さて、実際のモバイル用のorder.tplを見てみますと、ヘッダー・フッターがありませんので　以下の記述を追加してみるわけです。
<!--{$tpl_header}-->
　　
<!--{$tpl_footer}-->

そうすると、なぜかPC用のヘッダ・フッタがセットされてしまう、という現象ですよね。

/data/class/helper/SC_Helper_Mail.php

こちらが実際に呼び出されている本体です。
で、肝心のヘッダ・フッタのセットの箇所を見てみますと、
$arrRet = $objQuery->select("subject, header, footer", "dtb_mailtemplate", $where, array('1'));
(88行目付近)
となっています。
あれっ？　ID1(PC用)をベタベタ固定で指定してますよ?

ということで、この行をコメントアウトし、以下のようにします。
$arrRet = $objQuery->select("subject, header, footer", "dtb_mailtemplate", $where, array($template_id));

これで無事、テンプレートIDにひも付いた　ヘッダ・フッタがセットされるようになりました。


・・・今更ですが　ご参考までに。