レスが大変遅くなり申し訳ありません。

コミュニティ版では文字の消え方に違いが見られましたが、
症状的にはほぼ同じでした。

こちらで検証した結果、
今回のインストールしたサーバーのMySQLのヴァージョンが4.1.22で、
検証したワダックスも4.1.22、唯一動作不備がなかったファーストサーバーが5.0.27でした、
調べていくとワダックスの方から4.1.22では動作不備が起きるため
5.0.0以降をインストールしたサーバーに無料で移行してもらえるとの情報がありました。

結果、MySQL4.1.22ではEC-CUBE1系統のインストールは問題ないが、
2系統をインストールする場合はMySQL5以降でないといけないのでは？
という結論に至りました。

実際こういったことがEC-CUBEのシステム要件に記載されていなかったので気づきませんでしたが、
実際にサーバー会社に問い合わせたところMySQL4.1.22を使用しているサーバーでは同じ症状で解決策を探しているとの事です。（MySQLの問題とは気づいてなかったみたいです）
ワダックスさんではEC-CUBEを利用される方はMySQL5以降がインストールされたサーバーに無償で移行してもらえるとの事なのでやはりMySQLのバージョンが原因かと思われます。

これで報告を終わりますが何か打開策がわかり次第ここに記載させていただきます。
seasoftさん、相談にのっていただき本当にありがとうございました。
これからいろんなスレでお世話になるかもしれませんが今後ともよろしくお願いいたします。