＞無いですね。

ああ。了解しました。
じゃあ、そこが原因かもしれませんね。

＞ファイルごとにバージョンがあるわけじゃないんですねEC CUBEは。

そうですね。わたしも履歴欲しいです。
ちょこちょこカスタマイズをしてしまっているので、新しくなったソースだけマージしたいなと思うことがあります。


さて。
-------------
$this->dsn = $dsn;
} else {
if(defined('DEFAULT_DSN')) {
$objDbConn = DB::connect(DEFAULT_DSN, $options);
$this->dsn = DEFAULT_DSN;
} else {
return;
}
}
}
if (DB_TYPE == 'mysql') {
$objDbConn->query('SET NAMES utf8');
}
$this->conn = $objDbConn;
$this->error_mail_to = DB_ERROR_MAIL_TO;
$this->error_mail_title = DB_ERROR_MAIL_SUBJECT;
$this->err_disp = $err_disp;
$this->dbFactory = SC_DB_DBFactory_Ex::getInstance();
}
--------------
こういう感じで、
$this->conn = $objDbConn;
の前に入れてみてください。

それで解決するかもしれません。
ただ、一旦、文字コードが変わってしまったDBのデータは、後から直るわけではないので、もしかしたら、可能なら、一旦文字コードをセットしたと頃から再インストールしたほうが安全かもしれませんね。
（データはデータ自体に文字化けが無ければバックアップを取って後から格納すれば良いと思うので。）