決済モジュール自体のインストールには成功したのですが、
今度は、ログイン画面で下記のようなエラーメッセージが出ています。

「F1-1-12(契約内容確認時のSHOPIDが未契約です)」

ログイン画面からモジュール設定画面にはいれず、
設定できません。
正式なSHOP IDと、加盟店パスワードを入力しているはずなのですが。

もしかして、SHOP IDが作業中に仮に設定していたURLで登録されているだけなのでしょうか?

仮のURLは、http://ユーザー名.s99.coreserver.jp/shop/です。
使用しているサーバは、coreserver.jpです。

他に考えられるとすればディレクトリ構造を変えた特殊なインストールをしているのが原因でしょうか。
ディレクトリは下記のようになっています。

virtual/ユーザー名/data/
virtual/ユーザー名/public_html/html(net-shopに変更)/

ブラウザから見えるアドレスは下記のようになっています。

http://www.独自ドメイン/net-shop/

ダウンロードされたスクリプトを見てみたのですが、
それらしいURLへアクセスしている事は確認できず、途方に暮れております。

よろしくお願いします。

コレと、同じ文面でエフレジの方へも問い合わせてみます。