解決しました。

/data/logs/ownersstore.log をみると
「*use Services_JSON::decode()」と大量に出力されていたので、
念のためPHPのJSONモジュール環境を確認したところ、導入されていませんでした。
導入後、返金処理ができました。
（EC-CUBE上というだけで、まだ正常にソフトバンク側で処理が受理されたかどうかは不明ですが。）


別スレッドでもJSONモジュールが原因で不具合が起こっていたことを報告させて頂きましたが、モジュールの動作に必要なPHP環境の情報ってどこかにありましたっけ？

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