自己レスです。

原因やバグフィクスは、できないので、とりあえず自分の環境は、手作業で直し、今のところ取りあえずの解決はしました。

テンプレートセットの入れ替えや新規作成は、既存ユーザーの方はあまり必要ない作業になるでしょうから、こういう問題は、多分、新規ユーザーの方が使い始めるときに、ぱらぱらでてくるのではないかと思います。
できれば、チケットを切って、バグ調査していただけたら、と希望します。