回答ありがとうございます。色々と調べてみて、System関数によるLinuxコマンドの使用で
全て滞りなく動作するものができました。具体的には

「DB削除・復元」
「テンプレート・商品画像の削除」
「テンプレート・商品画像の復元」

を実行するSystem関数を組んだPHPを、毎日0時に時限動作する仕様で実装しました。