文面を見て恐らくですが・・・

EC-CUBE自体はWEBサーバではないのです。
Apache等がそれで、
EC-CUBEは要求に応じてページのデータ（HTML）を作成して
Apacheに渡しているにすぎません。
ユーザーにデータを渡しているのはApacheです。

普通はFlash類のデータは（EC-CUBEの管理する）データベースに
保存して使用することはせずApache（や配信専用サーバ）に処理させます。
EC-CUBEが絡むのはそのFlashデータへの「リンク」を含む「HTMLを」作成する部分だけ、というイメージです。
もちろん例外なやり方はありますが。

上記の意味で、EC-CUBEには特に制限はありません。
リンクを作るだけなので。
実際にFlashデータを配信するサーバのスペックに依存します。

すでにご存知のことでしたらすみません。

「リンク」部分を作るにはカスタマイズが必要です。


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http://ec-cube-mall.jp/
http://ec-cube.ec-orange2.jp/
http://wiki.ec-orange2.jp/