2.4.1正式版にて当該不具合を確認しました。

ただし、必ず発現するわけではないようです。
私の手元では、並び替えが反映される場合もあったり、反映されない場合もあったり、発症条件が不定です。

申し訳ないですが細かく追う時間が無いので原因を追い切れていないです。

反映される場合があるので不具合として認識されることが無かったという感じですかね・・・？

こちらの環境は
EC-CUBEバージョン 2.4.1
PHPバージョン PHP 5.3.0
DBバージョン PostgreSQL 8.1.11
で確認しました。

※追記
コミュニティ版では再現確認出来ず
r17853(+ r17938)辺りに差があるのかな

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